Il Consiglio della Suprema era un vero e proprio “Consiglio di governo” sotto il controllo diretto della corona, che si aggiungeva agli altri Consigli che fissavano leggi e decreti sul territorio spagnolo (come, ad esempio, il Consiglio di Aragona, quello di Pastiglia e quelli dello Stato e delle Finanze). Tra i suoi numerosi compiti, i principali erano dettare le normative e le procedure per i tribunali che agivano nelle province del regno, controllarne l’attività, esaminare i rapporti delle varie visite inquisitoriali, sorvegliare la condotta dei vari inquisitori e detenere il potere decisionale per le cause in appello o quelle più gravi. Per arginare le violenze e gli abusi di cui molti inquisitori e pubblici ufficiali si macchiarono, agendo, spesso,al di fuori delle garanzie canoniche, nel 1483 Ferdinando nominò Tomás de Torquemada (1420-1498) inquisitore generale del Regno, senz’altro uno dei più famosi, se non il più famoso inquisitore della storia e che, tra realtà e mito, incarnò l’essenza stessa dell’inquisizione. Nato ad Avila, intorno al 1420, giovanissimo, divenne frate predicatore nel convento domenicano di San Paolo in Valladolid, col nome di Tommaso, in onore del santo domenicano e filosofo d’Aquino. La sua fu una carriera folgorante; prima priore del convento di Santa Cruz, a Segovia, quindi confessore e confidente del tesoriere di Ferdinando d’Aragona e Isabella di Castiglia, per poi divenire consigliere della stessa Isabella. Le notizie che ci sono giunte parlano di un uomo integerrimo, quasi un asceta, eloquente e capace di impressionare chiunque con la sua predicazione. In altre parole la perfetta incarnazione del difensore della fede. Tra i suoi compiti ci fu quello di regolamentare la procedura inquisitoriale e unificarne la prassi tra le città e i possedimenti sotto la giurisdizione spagnola (arrivando a promulgare il “Codice” dell’Inquisizione il 29 ottobre 1484).
L’azione inquisitoriale presieduta da Torquemada, forte dell’appoggio e del sostegno del re, imperversò in ogni angolo del Regno: dal 1480 al 1484 erano presenti tribunali inquisitoriali a Siviglia, Cordoba, Valencia, Ciudad Real, Jaen e Saragozza, nei sette anni successivi in tutta l’Andalusia e in buona parte della Castiglia. Questa rapida diffusione fu possibile non solo per l’interesse della corona, ma anche grazie alla capacità organizzativa di Torquemada e al fatto che questi tribunali avevano una struttura itinerante (nel 1493 arrivarono ad essere in funzione ben 25 tribunali, poi divenuti sedentari per ridurre le spese, lasciando a degli incaricati il compito di battere le province e di istruire i processi). Quando gli inquisitori arrivavano in una zona, entrando nelle città in gran pompa, con i propri procuratori e notai, annunciavano l’Editto di Grazia, un periodo di 30 o 40 giorni durante il quale i falsi conversos potevano uscire allo scoperto e fare penitenza. Passato l’intervallo di tempo prefissato, che, nel frattempo, veniva impiegato dagli inquirenti per acquisire informazioni sui falsi cristiani che continuavano a praticare il giudaismo in segreto, chi veniva trovato colpevole correva il rischio di essere bruciato sul rogo. Questa procedura creò un’ondata di panico tra i conversos, perché quasi tutti avevano dei nemici che potevano testimoniare contro di loro, anche il falso.